Bali is reeds bewoond sinds de vroege prehistorische tijd, eerst door afstammelingen van een prehistorisch ras die migreerden via het vaste land van Azie naar de Indonesische archipel, men denkt dat ze rond 3000 VC. zich vestigden op Bali. Men heeft stenen werktuigen gevonden die uit die tijd dateren in de buurt van Cekik in het westen van het eiland.
Het eerste Europees contact zou geweest zijn door de Nederlandse ontdekkingsreiziger Cornelis de Houtman die aankwam in 1597 alhoewel er een Portugees schip voor de kust van Bukit Peninsula reeds was geweest in 1585. De Nederlandse overheersing kwam veel later en er werd hard voor gevochten doch Bali lag nooit zo in hun greep als Java en Maluku.